喀什地區三面環山,一面敞開,北有天山南脈橫卧,西有帕米爾高原聳立,南部是喀喇昆侖山,東部為塔克拉瑪幹大沙漠,諸山和沙漠環繞的葉爾羌河、喀什噶爾河沖積平原猶如綠色的寶石鑲嵌其中;
整個地勢由西南向東北傾斜。地貌輪廓是由穩定的塔裡木盆地、天山、昆侖山地槽褶皺帶為主的構造單元組成;
印度洋的濕潤氣流難以到達,北冰洋的寒冷氣流也較難穿透,造成喀什地區幹旱炎熱的暖溫帶的荒漠景觀;
山區的冰雪融水給綠洲的開發創造了條件,形成較集中的喀什噶爾和葉爾羌河兩大著名綠洲;
境内最高的喬戈裡峰海拔8611米,最低處塔克拉瑪幹大沙漠海拔1100米,喀什市城區的平均海拔高度1289米;
喀什地區水系受地形地貌、地域降水影響,各河系的源頭都位于冰川、山區積雪帶,随着山區水分的融凍而使各河的年内枯洪變化明顯,各河都為融補型河流。