胃腸神經功能紊亂。便秘時，糞便潴留，有害物質吸收可引起胃腸神經功能紊亂而緻食欲不振，腹部脹滿，嗳氣，口苦，肛門排氣多等表現。
形成糞便潰瘍。較硬的糞塊壓迫腸腔使腸腔狹窄及盆腔周圍結構，阻礙了結腸擴張，使直腸或結腸受壓而形成糞便潰瘍，嚴重者可引起腸穿孔。
患結腸癌。可能是因便秘太久，而使腸内緻癌物長時間不能排除所緻，據資料表明，嚴重便秘者約10％患結腸癌。
誘發心、腦血管疾病發作。臨床上關于因便秘而用力增加腹壓，屏氣使勁排便造成的心、腦血管疾病發作有逐年增多趨勢。如誘發心絞痛，心肌梗塞發作，腦出血，中風猝死等。
引起性生活障礙。這是由于每次長時間用力排便，使直腸疲勞，肛門收縮過緊及盆腔底部痙攣性收縮的緣故，以緻性欲減退，性生活沒有高潮等。
影響大腦功能。便秘時代謝産物久滞于消化道，細菌的作用産生大量有害物質，如甲烷、酚、氨等，這些物質部分擴散進入中樞神經系統，幹擾大腦功能，突出表現是記憶力下降，注意力分散，思維遲鈍等。
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