原因如下:
1、兩岸市場規模差距極大，且政治體制有别，此協議可能嚴重沖擊，甚至引入帶有政治企圖的中國大陸企業攻占台灣服務業，但馬英九政府從協議溝通、談判到簽署，始終未适當公開訊息，納入台灣民間以及産業界的讨論意見，而采“先簽後公布”的形式。
2、協議可能造成中國大陸管理人員借此協議合法來台工作與居留，時間可超過世界貿易組織待遇。合法來台居留的中國大陸管理人員無需負擔公民義務即可享有各項公共服務與基礎建設，特别是不經六個月等待期即可加保的超國民全民健保，并且他們為移居台灣所作的投資，于台灣累積經濟資本、提升服務業技術方面，貢獻不大，卻可能為台灣帶來巨大的社會成本以及政治、主權方面的沖擊。
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