滅菌程度是一次性口罩滅菌與非滅菌的主要區别，雖然兩者都要求在10萬級以上的無菌車間生産的，但是滅菌型口罩的滅菌程度和标準會遠遠大于非滅菌型，且生産滅菌口罩車間的無菌級别會高于非滅菌型。無菌型和非無菌型除最後的滅菌工序外，從原材料到生産工藝要求都是完全相同，其它指标如過濾效率等指标都是同樣要求。
目前，醫用口罩的滅菌都是采用環氧乙烷EO滅菌，環氧乙烷由于易燃易爆且為緻癌物，又是呼吸道防護品，必須在EO滅菌後有7-14天的解析器，直至環氧乙烷殘留量降到10ug/g下。
主要是因為在例如ICU、手術室等需嚴格控制微生物環境的醫療場所需要進入的東西都是無菌的，而不至于引發病患的其它細菌型感染。而非無菌不能用在微生物指标有嚴格要求的環境中，但是對于日常公衆的防護需求是足夠安全滿足的。并且，各種滅菌處理都會大幅度降低口罩的靜電作用，所以無菌的過濾效果反而會比非無菌更低一些。
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