菏澤原系天然古澤。清雍正十三年(1735年),曹州升為府,設附郭縣,賜名菏澤,始以菏澤作為地方名稱。1949年設菏澤專區,1967年改稱菏澤地區,2000年設地級菏澤市。
菏澤是中國古代大澤名。原系天然古澤,上古九澤之一,故址在今山東菏澤境内。《尚書-禹貢》載:“導菏澤,被孟諸。”因其地有菏山而得名,是菏澤市之名的來源之本。上古九澤之菏澤、雷澤、大野澤、孟渚澤,遺址都在今山東省菏澤市境内,在曆史上居于神聖地位。華胥履迹雷澤生伏羲,帝堯十三歲封于陶(今菏澤市定陶區),即位百載,崩於成陽,葬於谷林(成陽、谷林皆在今菏澤市鄄城縣境内)。舜生於姚墟(菏澤市鄄城境内),耕於曆山(鄄城曆山),漁於雷澤,陶於河濱(菏澤之濱)。伏羲是中華民族乃至東亞不少民族共同敬奉的始祖,堯舜是中華先民由蒙昧走向文明國家的聖祖,他們都與今山東菏澤地區息息相關,是養育中華先民的生命之澤。菏澤是中華文明發祥地之一。