1、配方：
（1）黃豆芽500克(煮汁)，白糖20克，瓊脂20克，羊肚菌基腳~50克，水1升。
（2）黃豆芽500克(煮汁)，白糖20克，瓊脂20克，水1升。
（3）栎木屑500克(煮汁)，白糖20克，瓊脂20克，水1升。
（4）馬鈴薯200克(煮汁)，白糖20克，瓊脂20克，蛋白脈0.5克，牛肉膏0.5克，水1升。
（5）蛋白陳1克，葡萄糖20克，瓊脂20克，酵母膏1克，磷酸二氫鉀1克，硫酸鎂1克，維生素B1，1克，水1升。pH值自然。
2、配方任選一組。将木屑或豆芽加水1升煮30分鐘，過濾取汁，并将餘下的水補足1升，加入其它原料，煮至溶化後，按母種制作常規方法，分裝于18毫米×180毫米或20毫米×200毫米試管的1/5，塞上棉塞，使用高壓滅菌鍋徹底滅菌;在0.68千克壓力下維持60分鐘，自然冷卻至指針回到原位才可打開，放成斜面備用。
3、要具有食用菌專業基礎知識、多年的菌種分離經驗及菌絲鑒别能力，其次要購置母種培養基、無菌接種箱、恒溫培養箱、冰箱、高倍顯微鏡等必要設備。根據當地羊肚菌生長季節，趁羊肚菌生長旺盛時做菌種分離工作。
4、分離方法。羊肚菌的分離方法與其它食用菌大不相同。它需要一種助生菌與羊肚菌菌絲共生時才能出菇。這種助生菌長期活動在土壤中，有時以芽孢菌形式出現，有時以菌絲形式出現。它為羊肚菌的原基形成和子實體生長發育起着至關重要的作用。因此，從土壤中分離該菌比其它任何方式分離要好些。但從土壤分離難度太大，成功率不到萬分之一，并且難以分辨，所以隻有采取羊肚菌基腳土分離，才能真正找到羊肚菌的出菇菌絲。
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