1、經費來源不同。民辦專科：由社會集團、集體和個人投資自負盈虧，屬于國家高等教育體系有益補充的一種教育體制。公辦專科：由國家撥款輔助，屬于我國教育體制中的主要形式。
2、招生不同。民辦專科：一般是在高考生進入高考期後，會由本校派人直接到各地招收學員，由于不同學校，所以在招生時選拔學生的方法也不同，但有個别民辦大專也會進入普通高考的錄取。公辦專科：該招生是由各當地教委抽取建檔線以上，才可以直接進入高等院校學習深造。
3、學費不同。民辦專科：主要是以盈利為目的，所以民辦學校的學費會貴一點。公辦專科：由國家或地方财政撥款，學費也是由當地物價局審定，所以一般不會太高。
4、對學生關心程度不同。民辦專科：工資一般是通過學費來發放的，因此為了更多的學生入學，所以他們在教學上肯定會更傾向于學生。公辦專科：由于是國家撥款，一般對工資的需求不會太高，因此對學生的關心程度也會比民辦學校低一點。
5、師資力量。民辦專科：主要是以聘請制來招聘教師，師資的水平參差不齊，而且除了部分資金雄厚的學校外，很多民辦學校的教學設施設備都還不完善。公辦專科：教師入職和管理會比較嚴格，更注重教學的質量，而且學校的各項設備設施也都較完善。
6、從政策來看。民辦專科：它的學費比較高，由于是個人或企業資金辦學，所以一般是不會享受扶持政策。公辦專科：在數量和辦學規模上，都大大超過民辦學校，公辦的學費一般也比較低，而且有部分地區的公辦學校會按照當地政策實行免費教育，可以享受國家的相關扶持政策會更多。
7、從管理來看。民辦專科：由于招生範圍很廣泛，一般入學條件不會特别高，對導緻生源素質比較雜，所以管理起來較困難。公辦專科：管理會比較規範和嚴格，而且上級管理比較多。
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