主要有以下幾處不同點：
1、培養方向不同：學術型碩士教育以培養教學和科研人才為主，授予學位的類型主要是學術型學位。專業型碩士是克服學術型碩士的弱點，國家新增的培養特定高層次專門人才；
2、招生考試不同：全日制學術型碩士招生考試是1月份的“統考”。全日制專業型碩士的招生考試是1月份的“統考”。在職專業型碩士的招生考試是參加10月份的聯考；
3、學制不同：全日制專業型碩士一般2至3年，其中不少于半年的實習期；而全日制學術型基本上以學習理論為主，學制一般為3至5年。而在校的主幹課程基本上是完全一樣，生活、學習與導師培養方式等等都沒太大區别的；
4、文憑頒發不同：學術型碩士同時頒發學位和學曆證書。專業型碩士同時頒發學位和學曆證書。專業型碩士隻頒發學位證書；
5、認可度不同：全日制學術型碩士和全日制專業型碩士，社會對這樣的畢業生的認可度非常高。在職專業型碩士：社會對這樣的畢業生的認可度低。
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