天然氨基酸有20種，分别是色氨酸、賴氨酸、苯丙氨酸、蛋氨酸、蘇氨酸、缬氨酸、亮氨酸、異亮氨酸、半胱氨酸、絲氨酸、甘氨酸、酪氨酸、天冬氨酸、天冬酰胺、谷氨酸、谷氨酰胺、丙氨酸、精氨酸、組氨酸、脯氨酸。
蛋白質分子的基本骨架是氨基酸序列。組成蛋白質的基本氨基酸有20種，這20種基本氨基酸是生物進行蛋白後期修飾的基礎，此外，在這些基本氨基酸的基礎上，生物還會合成羟脯氨酸、羟賴氨酸等衍生出來的氨基酸類型，在螢火蟲體内，甚至還會合成D-型氨基酸，這些由生物合成的氨基酸統稱為“天然氨基酸”。天然氨基酸一般情況下是L-型的，但也有例外，比如甘氨酸。包括天然的和生物體合成的。
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