1360年，被朱元璋請至應天，任謀臣，展現一個非常成功的兵法家的才能。劉基針對當時形勢，向朱元璋提出避免兩線作戰、各個擊破建策，被采納。輔佐朱元璋集中兵力先後滅陳友諒、張士誠.等勢力。
1367年，參與制定朱元璋的滅元方略，并得以實現。共參與軍機八年，籌劃全局。
1370年，為嘉勉劉基的功榮，授命劉基為弘文館學士。十一月朱元璋大封功臣，本想封劉基為丞相，但劉基一再推脫，隻好作罷。因此申請還鄉。朱元璋授命他為開國翊運守正文臣、資善大夫、上護軍，并封為誠意伯。
盡管劉伯溫說得都是大道理，不過他心裡應該明白，讓他出來收拾李善長，既是利用，也是試探他的忠誠度。他一旦受命或可減輕朱元璋的猜疑，然而，唇亡則齒寒，此例一開，以後朱元璋對待開國功臣元老就會換另外一副面孔，此等不義之舉，按劉伯溫的個性是絕不可為的。
正因為如此，第二年他就請退，告老還鄉了。
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