公司章程變更的程序是：
1、首先一般由董事會提出修改建議，提議修改公司章程。
2、公司章程修改屬于股東(大)會會議審議事項，要将修改公司章程的提議通知股東。
3、修改公司章程是屬于股東(大)會的法定職權，公司章程修改需要股東(大)會來進行決議。
4、修改公司章程需要征得股東的同意。
5、股東大會決議通過的章程變更事項應經主管機關審批的，需報主管機關批準。
6、公司特定章程變更事項應當公告。
7、公司章程變更後，公司董事會應向工商行政管理機關申請變更登記。
法律依據：
《中華人民共和國公司法》第七十三條
依照本法第七十一條、第七十二條轉讓股權後，公司應當注銷原股東的出資證明書，向新股東簽發出資證明書，并相應修改公司章程和股東名冊中有關股東及其出資額的記載。對公司章程的該項修改不需再由股東會表決。
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