神奇寶貝一共有五部,這五部都是小智一行人的故事。
成都聯盟的故事結束後,小霞因為要和姐姐在一起創建了訓練道館,而小剛也開始進行修煉,三人不得不單獨行動,随後小智遇到了新的朋友。
随後小智遇到了小瑤和小茂等人,故事也是經曆了很多,華麗大賽也成了一大特色。
到了超級篇章後,小智和皮卡丘來到了合衆的地方,這裡有很多更稀有的神奇寶貝,正當這時,小智很幸福,馬上選擇踏入這裡收集新的神奇寶貝,因為之前的已經不在自己身上了。
最後到了XY篇章,小智為了成為神奇寶貝大師,和皮卡丘來到了一個名叫卡洛斯的地方,随後懷揣着夢想和愛麗斯該别,在這裡小智認識了希特隆等更多的小夥伴。