1、本作中主角不再是Alex（在本作擔任最終Boss；邪惡向)，而換成了一個妻子女兒（女兒并未死）雙亡誓要殺死Alex的特種兵——“James Heller”。本作中，Alex将Heller感染，讓其擁有自己的吸收能力，并欺騙Heller黑色守望才是幕後主使，是他們殺死Heller的親人，試圖利用Heller的複仇完成自己的邪惡大計。在Heller的勸說下，Heller的”神父“選擇幫助Heller複仇從而消滅幕後主使，并與線人“雅典娜”重新建立聯系。

　　2、在吸收科納克博士（記不太清楚，就是第一個被殺的進化體）後，主角從記憶中發現其實Alex才是幕後主使。從而開始将自己的目标重新轉換為Alex。不久”神父“被Alex的進化體手下殺死。親之如父的”神父“死亡，深愛之至的妻子女兒的死亡，讓Heller的胸腔充滿怒火，這時候線人“雅典娜”與Heller聯系，讓Heller到紅區去找她，并且告訴他，他的女兒并沒有死。Heller突然聯想到自己并未看見女兒的屍體，心中存有希望，趕去紅區。

　　3、趕去紅區，找到了線人“雅典娜”，經過一系列交談，Heller得知黑色守望正在準備“火鷹計劃”，企圖将整個紅區肅清，而如果任其如此，會危及到自己在紅區某處的女兒。就這樣，Heller破壞了“火鷹計劃”。之後Heller便去消滅黑色守望的最高指揮官，但在這過程中，Heller從指揮官與他人的通話中得知，指揮官也有自己的妻室和女兒，這讓他聯想到自己的遭遇，被愛奴隸而不忍下手，最終選擇放過指揮官。之後指揮官為了報Heller的不殺之恩（也有被父愛感動，與Heller産生共鳴的影響）幫助Heller找到他的女兒，并掩蓋真相殺死了自己的兩個手下。但卻沒想到簡塔克的負責人（暫稱戈洛瓦） 成為了Alex的手下，變成進化體并搶先一步劫持了Heller的女兒。親眼見到女兒被傷害的Heller終于爆發，仰天怒吼。Alex此時的已經注定滅亡。

　　4、在與“雅典娜”交代好照顧自己女兒的事情後,Heller便去尋找Alex進行決戰。喪心病狂的Alex将自己身邊所有的手下吸收，與Heller對決。Heller愈戰愈勇，光芒大盛；而Alex節節敗退，雖然身具強大的力量，卻被擁有大量戰鬥技巧的特種兵Heller連敗三次，最後被截斷雙臂，成為Heller身體的一部分。從記憶中得知，線人“雅典娜”即“Dana”是Alex的妹妹。而Heller也因吸收了Alex的巨大能量，釋放出了覆蓋了整個紅區的觸手，消滅了紅區所有的行屍走肉。

　　5、結局，Dana,女兒Maya在樓頂相擁看黃昏，Heller因害怕自己的巨大改變給女兒帶來影響，選擇回避。就在他轉身的時候，Maya抱住了他，父女相擁。Heller将臉埋在女兒的懷中。