等位基因的分離一般來說發生于減數第一次分裂後期：同源染色體分離導緻等位基因分離；但如果考慮交叉互換或者基因突變的話也可能發生于減數第二次分裂的後期或者有絲分裂的後期。
基因分離定律在雜合子細胞中，位于一對同源染色體上的等位基因，具有一定的獨立性；當細胞進行減數分裂，等位基因會随着同源染色體的分開而分離，分别進入兩個配子當中，獨立地随配子遺傳給後代。基因分離定律與基因自由組合定律、基因的連鎖和交換定律為遺傳學三大定律。
基因分離定律限制因素1、所研究的每一對相對性狀隻受一對等基因控制，而且等位基因要完全顯性。
2、不同類型的雌、雄配子都能發育良好，且受精的機會均等。
3、所有後代都應處于比較一緻的環境中，而且存活率相同。
4、供實驗的群體要大、個體數量要足夠多。
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