托克遜縣位于新疆維吾爾自治區中東部,天山南麓,吐魯番盆地西部。東與吐魯番市為鄰,南與巴州尉犁縣相接,西與巴州的和碩、和靜縣相連,北與烏魯木齊市毗鄰。縣城托克遜鎮距烏魯木齊市公路裡程162千米。總面積16171、47平方千米。有維吾爾、漢、回等12個民族。華夏第一州巴音郭楞蒙古自治州300公裡,南疆重軌複線鐵路縣内穿過,貨運火車站3個。均為高速、高等級公路,蘭新鐵路、312、314國道縱橫貫穿縣境。三面山地環繞,西、北面高而東部低,盆地自西北向東南傾斜的地貌特征,地勢高低懸殊。有阿拉溝、白楊河等6條河流。屬暖溫帶幹旱荒漠氣候,夏季氣候炎熱,晝夜溫差大,多風,年均氣溫13、8攝氏度,極端最高氣溫為48攝氏度,年平均積溫在5600攝氏度以上,年光照率百分之六十九,無霜期276天,年均降水7毫米,是中國降水最少的地方。