1、他對先秦的曆史資料廣泛地進行了收集、彙總，并将其譜列成一個完整的體系，使中國第一次有了科學、系統、完整的古代曆史書。司馬遷依據《尚書》、《逸周書》、《國語》等史書整理了夏、商、周古代曆史的輪廓；他依據《春秋左傳》、《戰國策》等史書比較細緻地整理了春秋、戰國的曆史。
2、司馬遷整理、記載了秦朝統一以來，以及秦末農民起義、楚漢戰争，和劉邦建國以後的西漢王朝前期的曆史。這一部分完全是出于司馬遷的獨創。司馬遷整理先秦史，有《尚書》、《春秋》、《左傳》、《國語》和《戰國策》做參考；從秦始皇統一六國後，司馬遷完全是靠着檔案館裡的檔案，與各處收集、調查的資料，以及各種口頭的、書面的傳說等，來進行加工和譜寫，所以說從秦始皇統一到漢武帝征和年間，這一百四五十年間的曆史的譜寫，都是司馬遷的功勞，是司馬遷的獨創。司馬遷是一位當之無愧的天文學家。
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