目前我們吃的益生菌都是活菌，服用後要經過口腔及胃腸道分泌的唾液、胃酸、膽汁等種種磨難，最終部分“勇士”到達腸道存活下來，發揮功效。所以，為了能讓益生菌更好地活着進入腸道發揮作用，服用方法非常重要。
飯後30-60分鐘最佳。胃酸對益生菌的殺傷力非常大，所以，益生菌不能空腹吃，饑餓的時候胃裡的胃酸較多。飯後半小時到一小時的時候，飽腹感使胃酸分泌減少，而且還留在胃中的食物把胃裡的胃酸都中和掉了，此時，能大大減少胃酸對益生菌的破壞。
2.沖服的水溫：用35-37°左右的水沖服最适宜。益生菌本質上就是我們人體内的有益細菌，它們生活的最佳溫度其實就是我們人體的體溫，所以，用接近人體體溫的水最好，就是摸起來幾乎感覺不到溫熱的水，而較高溫度的水會殺死益生菌。
目前售賣的益生菌基本上都是厭氧菌，厭氧菌的意思就是：在沒有氧氣的狀态下存活的很好，接觸空氣中的氧後活菌數就大大降低了。所以，應該打開包裝立即沖泡後，馬上服用，減少益生菌在空氣中久置而失活。
4.與兩類藥物分開服用第一類是抗生素：孩子得病後，如果醫生診斷是細菌感染，會給孩子開抗生素。抗生素不分敵友的殺細菌，所以要與益生菌分開服用，一般間隔2小時以上。個别藥用的益生菌可能對抗生素不敏感，可與抗生素同時使用，一定要仔細閱讀說明書。
第二類是黏膜保護劑或吸附劑：兒科常用的有蒙脫石散、潔維樂（磷酸鋁凝膠）等，這類藥物口服後會附着在腸道粘膜上，形成一層保護膜，影響益生菌在腸道内發揮作用，因此，也需要間隔2小時以上。
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