根據化石記錄，最早的兩栖類出現于泥盆紀晚期，它們是從總鳍魚類進化而來的；
泥盆紀以後，它們分支進化出多種多樣的類群。在石炭紀和二疊紀期間它們不僅種類繁多，而且許多類群中有相當大的個體，成為當時地球上占優勢的動物。雖然爬行類在石炭紀已經出現，但在石炭紀和二疊紀時，它們在多樣性及個體大小方面還比不上兩栖類，所以石炭紀和二疊紀又稱為兩栖類的時代。在二疊紀之後，兩栖類便衰落了，在晚古生代繁盛的多數種類在二疊紀晚期絕滅了，少數種類可以殘存到中生代的早、中期。可能起源于晚古生代晚期并在三疊紀有可靠化石記錄的現代兩栖類，經過中生代生存至今，就是現在人們非常熟悉的青蛙、蟾蜍和蝾螈等等。在世界上晚古生代的兩栖類化石發現了不少，有許多非常完整的骨架。我國古生代兩栖類的化石記錄僅有新疆天山一處，而在中生代的地層中則多處發現了古生代殘存下來的迷齒兩栖類。
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