目前，許多高校和雜志出版社都會對所提交的論文進行查重，這是對所提交論文進行審核的步驟之一。以檢測論文的原創性為主，這些審核機構都會對論文查重制定一個合格的标準，那麼，論文查重系統是怎麼查重的呢？
大學一般都是采用畢業論文的方式來檢測畢業生是否掌握了大學以來所學習到的知識，學生們完成的畢業論文需要通過論文查重，而且要達到大學規定的論文标準，學校會把論文統一上傳到畢業論文查重系統中進行查重。雜志期刊出版社也是同樣的處理，在進行論文查重時，會把提交的論文上傳到合作的論文查重系統中進行重複率檢測。
對論文進行查重就是檢測論文的重複率，檢測論文中是否存在抄襲、剽竊等學術不端行為，一般通過論文查重系統進行查重即可檢測出來。由論文查重系統對論文的重複性進行檢測，查重系統中收錄了數據庫資源，而且有系統開發的查重算法，将論文與數據庫中的資源按一定的算法進行比對，對重複性的内容進行比對後計算出整篇文章的重複性。
一般情況下，論文查重系統是根據論文的格式自動識别出論文的各個部分的内容，然後對論文的各個段落進行分類查重，所以寫論文時一定要注意正确規範的格式。論文中還有參考文獻部分也是要重點注意的，參考文獻也要按照格式規範标注，否則就會被系統識别為正文内容，計算重複率。
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