二者概念不同。
自交是指基因型相同的個體交配，大多數植物沒有性别分化，為雌雄同株單性花或兩性花植物，如水稻、小麥等兩性花植物，其自花授粉的過程就稱為自交而玉米、黃瓜等單性花植物，自交是指同株異花授粉，所以自交的概念用于植物時，含義是自花授粉或雌雄同株的異花授粉，動物大多數為雌雄異體，雖有像蚯蚓等雌雄同體的低等動物，但為防止物種衰退現象，它們也通常進行異體受精，因此在動物種群中，自交的含義是指基因型相同的雌雄異體交配。
自由交配指在一群體中，不同的個體之間都有交配機會且機會均等，即有基因型相同的個體交配，也有基因型不同的個體交配，強調随機性，而在間行種植的玉米種群中，自由交配包括自交和雜交方式，對水稻和小麥等主要進行自花授粉的植物來說，自然狀态下自由交配的概念不适用，而主要是自交，在人為條件下可以進行自由交配，在動物種群中，自由交配指基因型相同或不同的雌雄異體交配。
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