1、品種不同
艾蒿和水蒿雖然都屬于菊科、蒿屬的植物，但是兩者品種不同，屬于不同的兩種植物。艾蒿又叫做艾、艾草等，生長周期較長，水蒿又叫做蒌蒿、柳葉蒿、驢蒿、藜蒿等，從清明節後，葉子逐漸變老，可以先從名字和生長周期上區别。
2、株型不同
艾蒿的主根明顯，略粗長，直徑可達1.5厘米，莖部高度約80-150厘米左右，莖部顔色為褐色或灰黃褐色。水蒿要比前者低矮一些，它的主幹較細小，株高要低矮一些，高度大約60-150厘米左右，莖部剛開始的顔色為綠褐色，之後變為了紫紅色。
3、葉子不同
從葉子方面也能分辨出不同，艾蒿的葉子要寬大一些，葉子表面顔色為灰綠色，葉子背面有白色的絨毛，葉面較為厚實，葉子邊緣分布較小的鋸齒。水蒿的葉子雖然小一點，但相對細長一些，顔色跟前者也有些區别，葉子正面的顔色有點泛白，分布着一層白色的絨毛，摸起來比較的光滑、柔軟，葉子邊緣分布較深的鋸齒。
4、氣味不同
艾蒿和水蒿都能散發味道，不過，艾蒿的味道較濃烈，會較辛辣、清涼，水蒿的氣味偏清淡。
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