首先是制曲使米曲黴在曲料上充分生長發育,并大量産生和積蓄所需要的酶,如蛋白酶、肽酶、澱粉酶、谷氨酰胺酶、果膠酶、纖維素酶、半纖維素酶等。在發酵過程中味的形成是利用這些酶的作用。如蛋白酶及肽酶将蛋白質水解為氨基酸,産生鮮味;谷氨酰胺酶把萬分中無味的谷氨酰胺變成具有鮮味的俗谷氨酸;澱粉酶将澱份水解成糖,産生甜味;果膠酶、纖維素酶和半纖維素酶等能将細胞壁完全破裂,使蛋白酶和澱粉酶水解等更徹底。 同時,在制曲及發酵過程中,從空氣中落入的酵母和細菌也進行繁殖并分泌多種酶。也可添加純粹培養的乳酸菌和酵母菌。由乳酸菌産生适量乳酸,由酵母菌發酵生産乙醇,以及由原料成分、曲黴的代謝産物等所生産的醇、酸、醛、酯、酚、縮醛和呋喃酮等多種成分,雖多屬微量,但卻能構成醬油複雜的香氣。