1、形态不同。毒芹菜高可達70～100厘米，莖單生、中空、具分枝，葉片二至三回羽狀全裂、邊緣具尖鋸齒狀，基生葉具抱莖的膜質葉鞘，複傘形花序、頂生，半球形，花瓣白色，雙懸果近球形，全棵有惡臭。水芹菜高15～80厘米，莖直立或基部匍匐，基生葉有柄，葉片輪廓三角形，上部葉無柄，複傘形花序頂生，無總苞，萼齒線狀披針形，花瓣白色，花柱基圓錐形，果實近于四角狀橢圓形或筒狀長圓形，花期6～7月，果期8～9月。水芹菜和野芹菜最明顯的區分标志是杆上有沒有茸毛，野芹菜的莖上是毛茸茸的，而水芹菜沒有。其次，野芹菜的葉子寬、短一些更像家芹，而水芹菜的葉齒細長莖也細長。
2、分布地區不同。毒芹又名野芹菜、白頭翁、毒人參、芹葉鈎吻、斑毒芹。生于海拔400～2900米的雜木林下、濕地或水溝邊，分布于蘇聯的遠東地區、蒙古、朝鮮、日本，産黑龍江、吉林、遼甯、内蒙古、河北、陝西、甘肅、四川、新疆等省區，江蘇興化曆史上有栽培。水芹菜原産亞洲東部，分布于中國長江流域、日本北海道、印度南部、緬甸、越南、馬來亞、爪畦及菲律賓等地，我國中部和南部栽培較多，以江西、浙江、廣東、雲南和貴州栽培面積較大。
3、毒性不同。野芹菜乃劇毒植物之一，人食之數分鐘即中毒，口唇常發泡乃至血泡)，主要毒性在中樞神經系統方面，有非常顯着的緻痙攣作用，中毒後有頭暈、嘔吐、痙攣、皮膚發紅、面色發青，最後出現麻痹現象，死于呼吸衰竭。人中毒量為30～60毫克，緻死量為120～150毫克。如果誤食了野芹菜的花，會導緻出現惡心、嘔吐、手腳發冷、四肢麻痹等等，如果嚴重的話，會導緻死亡。這是因為野芹菜的毒性可以造成運動神經的麻痹，并且抑制延髓中樞的興奮。水芹菜沒有毒，富含各種維生素和礦物質，每100克可食部分含蛋白質1.8克、脂肪0.24克、碳水化合物1.6克、粗纖維1.0克、鈣160毫克、磷61毫克、鐵8.5毫克，還含有芸香苷、水芹素和檞皮素等，其嫩莖及葉柄質鮮嫩，清香爽口，可生拌或炒食。
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