在二百萬年前的冰河時代,急凍将水凍結在地球的冰冠和冰川中,導緻海平面大幅下降。于是出現淡水和海水的交相侵蝕,緻使石灰質地帶形成了許多岩溶空洞,藍洞即是岩洞之一 。
多孔疏松的石灰質穹頂因重力及地震等原因而很巧合地坍塌出一個近乎完美的圓形開口,成為敞開的豎井。當冰雪消融、海平面升高後,海水便倒灌入豎井,形成海中嵌湖的奇特藍洞現象。
藍洞為一石灰岩洞、是目前已發現的全世界第四深的水下洞穴,位于伯利茲外海約60英裡的大巴哈馬淺灘的海底高原邊緣的燈塔暗礁。
位于北緯17度18分54秒,西經87度32分6秒處,形成于海平面較低的冰河時代末期,後來因為海水上升,洞頂随之塌陷,遂變成水下石灰石坑洞穴。