1、堆藏。堆藏是把選好的南瓜直接堆放在室内。堆放前地面先鋪一層幹草或麥稭，上面堆放南瓜。擺放的方向和生長時的狀态相同，可将瓜蒂朝裡，瓜頂朝外，依次堆碼成圓堆，每堆15-25個，高度5-6個瓜高為好。同時留出通道，以便檢查。
2、窖藏。窖藏的南瓜宜選用主蔓上第二個瓜，根瓜不宜作貯藏用。生育期間最好不使瓜直接着地，并要防止陽光暴曬。采收時謹防機械損傷，特别要禁止滾動、抛擲，否則内瓤震動受傷易導緻腐爛。南瓜采收後宜在24℃-27℃下放置2周，使瓜皮硬化有利于貯藏，這對成熟度較差的瓜尤為重要。
3、架藏。架藏的倉位選擇、質量挑選、降溫、防寒和通風等要求與堆藏相同。所不同的是倉庫内用木、竹或角鐵搭成分層貯藏架，鋪上草包，将瓜堆放在架上。或用闆條箱墊一層麥稭作為容器。瓜放入後碼成垛進行貯藏。這種方法透風散熱效果比堆藏好，倉位容量也比堆藏大，觀測、檢查比較方便。
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