（一）“人種更替說”：認為在日本列島曾發生一次乃至兩次人種更替。如在19世紀80年代，解削學家小金井良精認為，在繩紋時代生活于日本列島的原住民是阿伊努入，繩紋時代後他們被大陸來的其他人種驅趕往北方。
（二）“混血說”：認為“原日本人”（舊石器時代的日本人）在繩紋時代之後，與大陸或南洋諸島移居來的其他人種混血，逐漸形成現代日本人。醫學家清野謙次首先提出“混血說”，直至20世紀30年代，仍為學界主流。
（三）“演變說”（或稱“連續說”）：認為繩紋時代的日本人由于生活方式的變化，其體質逐漸演變，成為彌生時代人、古墳時代人乃至現代日本人。它更為重視人種的繼承性，既不贊同“人種更替說”，也不大重視混血對日本民族構成的影響。二戰後，東京大學人類學研究室的長谷部言人和鈴木尚教授持此說，至今對學界仍有影響。
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