南京農業大學食品科技學院淵源于1921年成立的東南大學農産制造門和1927年創辦的中央大學農産制造系、食品工業系,1952年食品工業系與浙江大學農化系、江南大學食品系合并到南京工學院,保留的部分師資并入南京農學院農學系和園藝系。1985年學校在全國農業院校中率先成立了食品科學系,1996年擴系建院,成立了食品科技學院。
學院下設食品科學與工程、生物工程、食品質量與安全 3個系,2個院級教學實驗中心,食品科學與工程、生物工程和食品質量與安全3個本科專業,擁有1個博士後流動站,1個農業部重點開放實驗室,2個博士點,4個碩士點,7個校級研究室。