魅族16支持指紋支付，魅族16不僅支持屏下指紋識别技術，還支持面部識别技術。不過魅族16不支持面部支付，僅支持指紋支付，根據李楠介紹，魅族16解鎖僅需0.25s。魅族16的屏下指紋識别率可達99.12%，在體驗效果上甚至比實體指紋識别更好。
目前屏下指紋識别方案有兩種，一種是以Synaptics以及彙頂科技為代表的光學屏下指紋技術，另一種則是以高通為代表的超聲波屏下指紋技術，目前已經商用了光學屏下指紋技術，而超聲波屏下指紋至今還未商用。從實際使用體驗來看，光學屏下指紋不僅在解鎖時需要屏幕開啟最高亮度以照亮指紋，而且在識别精準度以及安全性方面都有待提升。
魅族16的屏下指紋識别可以更安全的保護手機與隐私，還能提升全面屏的體驗。由于全面屏占用了指紋識别的區域，因此目前全面屏的指紋識别多位于機身背部，影響指紋識别的使用體驗，而屏下指紋的識别區域位于屏幕中，因此不會受到全面屏的影響，也是未來全面屏手機的發展方向。
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