生物顯微鏡用于觀察和研究生物切片、生物細胞、細菌、活組織培養、液體沉澱等。同時，它還可以觀察其他透明或半透明的物體、粉末、微粒等物體。一般來說，顯微鏡是一種主要用于放大人類肉眼可以看到的微小物體的儀器。
顯微鏡是一種精密儀器。使用時一定要按照操作規程小心耐心。不要操之過急，也不要用力過猛，以免誤操作損壞元器件。使用前，您應熟悉顯微鏡的結構和性能，并檢查總零件是否完好無損。鏡子上是否有灰塵，鏡頭是否幹淨，并做必要的清潔和調整工作。
顯微鏡初學者對其基本原理和結構知之甚少，做工粗糙也可能對顯微鏡的易損性造成緻命影響。灰塵落入防塵光學元件表面不僅影響光線的通過，還會被光學系統放大後産生較大的污漬，影響觀察。落入機械部分的灰塵和沙粒也會增加磨損，導緻運動受阻，這也是非常有害的。
每次使用顯微鏡後，用擦鏡紙擦拭目鏡和物鏡。不要随意旋轉對焦螺絲。觀察時，必須先用粗對焦螺絲調整焦距，看清楚圖像後再用細對焦螺絲微調。由于精聚焦螺絲有一定的旋轉範圍，在旋轉固定時，粗聚焦螺絲要反方向旋轉，再用精聚焦螺絲調整。不要用力旋轉，以免損壞齒輪。觀察後，從載物台上取下載玻片時，必須先擡起鏡筒，以防載玻片碰到物鏡。
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