強奸罪一般要證明兩點：一是發生了性關系；二是違背了婦女的意志。證據就要圍繞這兩點形成證據鎖鍊。可以從女方處提取遺留精斑或殘留精液，從受害人身上提取嫌疑人留下的線索，包括毛發、皮屑、體液(含汗水、口水、血液)、纖維等，環境許可還可考慮指紋、掌紋、腳印等許多線索，通過司法機關鑒定，可以确定是否是實施強奸的男性所為；這就證明了第一個問題。
至于違背婦女意志的事實證明，主要的證據有被害人的陳述，犯罪嫌疑人自己的供述。
【法律依據】
《刑事訴訟法》第五十五條第二款規定，證據确實、充分，應當符合以下條件：(一)定罪量刑的事實都有證據證明；(二)據以定案的證據均經法定程序查證屬實；(三)綜合全案證據，對所認定事實已排除合理懷疑。
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