吳茱萸要煮20-30分鐘才沒毒，吳茱萸蒸溜液、煎劑和沖劑過濾後，分别給正常兔、正常犬和實驗性腎性高血壓犬進行靜脈注射，均有明顯的降壓作用，而且持續時間長，一般長達3小時以上；煎劑給犬灌胃降壓幅度較靜脈注射小。吳茱萸的降壓作用主要是使外周血管擴張而減低了外周血管的阻力，且與組胺釋放有關。
吳茱萸中所含的吳茱萸苦素為苦味質，有苦味健胃作用，其所含的揮發油又具有芳香健胃作用。吳茱萸的甲醇提取物，有抗大鼠水浸應激性潰瘍的作用；水煎劑還具有抗鹽酸性胃潰瘍和消炎痛加乙醇性胃潰瘍作用，對水浸應激性和結紮幽門性潰瘍有抑制形成的傾向.吳茱萸對離體小腸活動有雙向作用，低濃度時興奮，高濃度時抑制自發收縮活動，既能拮抗煙堿、毒扁豆堿、乙酰膽堿、組胺、氯化鋇、酚妥拉明、利血平對離體小腸的興奮作用；亦能對抗六烴季胺、阿托品和腎上腺素對離體小腸的抑制作用，但不能拮抗苯海拉明、罂粟堿、異搏定、美散痛對離體兔小腸的抑制作用。
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