1、科屬區别。芥菜時十字花科芸苔屬一年生草本植物，别稱蓋菜、芥、挂菜，在我國各地皆有栽培，葉片可供鹽腌供食用，而種子和全草可供藥用。而荠菜是十字花科荠屬一年生或二年生草本植物，别稱荠荠菜、地丁菜、地菜、花花菜、菱角菜等，多為野生，現如今也有地區少量的栽培，它的根系也可藥。
2、外形區别。芥菜莖直立，有分枝，可高達30-150厘米，它的品種比較多，有時幼莖和葉具有刺毛，靠近聞之有一股獨特的辣味。它的葉片寬卵形至倒卵形，邊緣有有缺刻和牙齒，有所為圓鈍鋸齒狀。而荠菜多分枝，莖較細，葉子都呈分散的片狀，邊緣帶有據齒，味道比較獨特，很多時候如果沒有好的分辨方法，可以通過味道來區别它們。
3、營養價值區别。它們在營養上的區别也比較大，芥菜富含維生素A、維生素B、維生素C、胡蘿蔔素，以及含有鉀、鈣、磷等微量元素，對人體的益處極大。而荠菜富含膳食纖維，還有多種維生素和礦物質，另外還含有膽堿、乙酸膽堿、芥菜堿、黃酮類等成分，這些物質能治療多種疾病。
4、功效區别。上面說過它們除了食用價值外，還可以入藥，芥菜具有提神醒腦，解除疲勞的功效，此外還有消腫解毒、化痰平喘。預防多種疾病的作用。而荠菜的功效更為強大，具有和脾、利水、止血、明目的功效，由于富含膳食纖維，能促進腸胃蠕動，預防多種疾病，還含有多種生物堿，能預防癌症、将血壓。
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