自來也死掉是在第353話“自來也豪傑物語”中，在這一集裡，自來也被自己的徒弟長門所殺。
長門利用輪回眼制造出了佩恩六道，自來也為了調查曉組織的秘密來到了雨忍村，調查中發現自己的徒弟長門就是曉組織的首領，長門利用痛苦來實現真正的和平，但是遭到了自來也的反駁，自來也最終決定打敗他，但是佩恩的能力很強，自來也不清楚敵人的能力，一直處于下風。
後來自來也配合蛤蟆仙人使用了幻術将佩恩控制住，長門也因此被困，自來也說長門弄錯了自己的方向，你也不是傳說中的預言之子。随後自來也用大刀将佩恩的肚子切開了口子，以為這樣就結束了，沒想到後面又出現了另一個佩恩，将自己的手臂打斷。
之後自來也明白了佩恩的秘密，剛要說出來，喉嚨被捏碎，身體被金屬棒貫穿，自來也臨死前想到了鳴人的意志，蛤蟆仙人跳到他面前，自來也用最後的力氣寫下了暗号，随後屍沉大海。
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