同工同酬與編制的區别主要有，事業單位在編人員，與單位确認的是人事關系，而不是勞動關系，所以在編人員的待遇不是按照《勞動法》調節的。而是依據《事業單位在編人員管理條例》，其入職條件、學曆、經曆與合同制人員不一緻，而且事業單位在編人員的工資組成包括：基本工資績效工資。基本工資=崗位工資薪級工資+職稱工資。而職稱工資是評聘結合的，所以工資組成不一樣，因此同工缺乏依據。
根據《勞動法》裡的同工同酬指的是合同制人員的同工同酬，合同制人員與勞務派遣人員的同工同酬，合同制人員、勞務派遣人員與單位确認的是雇傭關系而不是人事關系，其待遇依據《勞動法》，其待遇在錄用方式、勞動報酬來源、适用法律上與事業單位在編人員不同。
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