漠河縣年平均氣溫在零下5.5度 。各月平均氣溫在0度以下的月份長達8個月之久。氣溫年較差為49.3度。平均無霜期為86.2天。
年平均降水量為460.8毫米，全年降水量百分之七十以上集中在7月份。5到6月份為旱季，7到8月份為汛期。太陽輻射總量年平均為96到107千卡每平方厘米，日照時數為2377到2625小時。
漠河為多年連續凍土區，凍土最厚達100米以下，凍土融凍最淺的地方，最大融凍上界面僅20厘米左右。對本地的野生動植物的生存和生長，超過能耐受的低溫極值，并成為限控因素。但對喜低溫的耐寒的動植物，都是适宜的溫度範圍。
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