1、首先，必須為硝化細菌準備附着物，一般表面積大、多孔的材料最合适，如生物球、陶瓷環等,沙石也可作為附着物。
2、附着物體積應占水族箱總水體的20% 左右，而且需有充分的水流經過，不可形成死角，出現缺氧區。接下來就可以培養硝化細菌了。
3、硝化細菌一般不需要特殊接種培養,運轉正常的水族箱附着物上會自然生長出硝化細菌,在淡水水族箱中培育出成熟的硝化細菌需要1~2 周的時間,海水水族箱約需要1個月。
4、硝化細菌在沒有氨氮的情況下生長量是很少的，如此時放人大量的魚，則硝化細菌無法承擔分解氨氮的工作，因此在培養硝化細菌時必須在水中添加氨氮，以刺激其大量生長。
5、使用的方法是先放入少量的魚，待硝化細菌成熟後再逐步增加放魚的數量。如急需使用大量的硝化細菌，也可采用接種的方式,放入一些市湯上出售的硝化細菌成品，可在5 天内建立起一個良好的生态系統。
6、硝化細菌對生存環境要求不高，與魚類生存環境相仿,甚至更寬松些,但水質過度酸化、缺氧和對附着物過分的清洗均會對硝化細菌造成損害，因此，不要長時間關閉循環過濾系統,也不可用硝化細菌附着物做初級濾材。
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