1、有無個人賬戶：一檔參保人員繳納的醫療保險費，全部用于建立醫療保險統籌基金，不建立個人賬戶；二檔參保人員繳納的醫療保險費，部分用于建立醫療保險統籌基金，建立個人賬戶，個人賬戶資金以本人繳費基數為基數，按以下比例劃入：不滿35周歲的人員，劃入比例為3.3%;滿35周歲至不滿45周歲的人員，劃入比例為3.5%;滿45周歲至未退休的人員,劃入比例為3.7%;退休人員繳費期内劃入比例為4%,繳費期滿後劃入比例為上年度本市城鎮經濟單位職工年平均工資的60%的4%。
2、診病範圍不同：二檔比一檔的門診特病範圍廣，一檔僅隻能享受4種特病待遇，如惡性腫瘤放療、化療、鎮痛治療；腎功能衰竭病人的透析治療；腎移植後抗排異治療；血友病等。二檔卻可以享受20種特病待遇。
3、報銷病種不同：一檔（4類）；二檔（23類）。
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