《尋秦記》的結局是項少龍沒有回到現代,而是留在了古代。
在01版由古天樂主演的《尋秦記》中,最後的結局是十年後項少龍在塞外,已經娶了烏芳跟琴清。烏芳給項少龍生了個孩子取名項小龍,琴清也懷孕了。最後一幕是項小龍指着天上的飛鷹說自己要改名叫項羽,覺得項小龍這名不夠霸氣,項少龍知道曆史裡項羽的悲慘結局所以追着項小龍讓他換個名字。
而在新版由陳翔主演的《尋秦記》中,跟原著小說和古天樂版的不同,不僅嫪毐沒有出現,連烏庭芳都死了,最重要的是項少龍來到古代一點蝴蝶效應都沒産生 ,劇情進程遵循了曆史軌迹。新版卻直接把烏庭芳寫死了,最後陪項少龍歸隐的隻剩下星雲,也就是琴清。
烏庭芳死後,項少龍與連晉就有借口正式決裂,最後項少龍殺死了連晉。項少龍帶着琴清歸隐山林,生下一個孩子寶兒,後來小季季找來,說他改名叫劉邦,寶兒也說自己改叫項羽!可是,項羽不是楚國的嗎?在新版《尋秦記》中也沒有交代清楚這個問題。