尿道、生殖道、直腸的開口很近，所以泌尿系感染的主要緻病菌為大腸杆菌，以及其他會陰部和腸道的常見菌種，極少數可由真菌、原蟲引起。染途徑主要有四種:
上行感染。最常見，當機體抵抗力下降或尿道黏膜有輕微損傷時，細菌侵人尿道并繼續往上走，會感染膀胱和腎髒。例如女性性生活後、月經期等。
血行感染。細菌從體内的病竈(如發炎的扁桃體等)侵人血液，到達腎髒。
淋巴感染。當有盆腔炎、闌尾炎及結腸炎時，細菌可從病變部位順着淋巴管感染腎髒。
直接感染。尿道受到外傷，或者腎髒周圍的器官發炎時，細菌侵入腎髒而造成感染。
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