方法一：口服中藥。由于從口服到内髒吸收到達皮膚，藥力損耗大，這種口服中藥運用扶正祛邪的原理，但是，此種方法由于不是直接的對病毒進行殺滅，因此，在效果的顯示上，當然并不是特别理想的。
方法二：注射激素轉移因子。西醫治療扁平疣主要注射轉移因子等激素來提高人體免役功能。由于這一種間接性治療不是直接能殺滅扁平疣病毒，所以治愈率也很低，特别是對一些年齡偏高的人。
方法三：采用激光鏟除的方法。由于扁平疣病毒是在表皮下面，激光隻能鏟除表面扁平疣顆粒，而皮下病毒沒有鏟除，所以不可能起到根本的治療作用，即使當時鏟除了，往往過了幾個月扁平疣還會重新發出來。
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