土地糾紛的實質是土地權屬糾紛，即是指對土地所有權和使用權的争議，它包括農地、山地、草原、水域等因所有權和使用權受到侵害而引起的争執，權屬糾紛發生的原因如下：
1、土地改革和合作化時留下來的土地權屬未定，地界無明顯的标志或土地證上規定得不夠明确。
2、公社化時期體制調整，新劃地界不清或調整不合理，協議書訂得不明确。
3、曆史原因遺留下來的土地瓜葛問題，還有因土地的征用以及承包等引起的所有權和使用權的變更而産生的權屬争議。
4、因行政區劃變更，原社隊之間以及社隊與國有土地之間因插花地互越地界以緻地界不清的土地。
5、因移民開荒，侵占他隊的荒山、荒坡、荒地和原權數不清的公共土地。
6、鄉鎮集體企業建設用地，由于過去沒有具體規定，需要重新給予核定。
總而言之，土地使用權的糾紛主要是由于地界不清、土地權屬紊亂、政策和體制的變更，以及其他曆史遺留問題等。
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