水體污染物的來源主要有：工業廢水、生活污水、農業污水、工業及礦山廢渣、大氣中污染物、天然污染物等。
工業廢水：未經處理的工業廢水直接排放是水體的重要污染源，具有量大、面廣、成分複雜、毒性大、不易淨化、難處理等特點。工業廢水最常見于化學工業、造紙工業、食品加工業、金屬制品工業、鋼鐵工業、皮革印染工業。
生活污水：主要是城市生活中使用的各種洗滌劑和污水、垃圾、糞便等，生活污水中含有較多的氮、磷、硫、有機纖維、澱粉、糖類、脂肪、蛋白質、尿素、緻病細菌等。我國每年約有90%以上的生活污水未經處理就直接排入水域。
農業污水：包括牲畜糞便、農藥、化肥等。農業污水中，一是有機質、植物營養物及病原微生物含量高；二是農藥、化肥含量高。
礦山廢渣：礦山開采的廢渣經雨水沖刷而污染河流、土壤和地下水。特别是稀有金屬、重金屬礦廠的礦渣經雨水沖刷使水中重金屬含量超标。
大氣污染物：大氣污染物可以經雨水的沉降作用而落入江河湖海中污染水體。
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