菌落總數是指食品經過處理，在一定條件下培養後，所得每克或每毫升檢樣中所含細菌菌落總數。測定食品中的菌落總數，一般均采用中溫培養。菌落總數主要作為判别食品被污染程度的标志，菌落總數并不表示樣品中實際存在的所有細菌總數。
菌落總數測定是用來判定食品被細菌污染的程度及衛生質量，它反映食品在生産過程中是否符合衛生要求，以便對被檢樣品做出适當的衛生學評價。
食品的菌落總數嚴重超标，說明其産品的衛生狀況達不到基本的衛生要求，将會破壞食品的營養成分，加速食品的腐敗變質，使食品失去食用價值。
菌落總數包括緻病菌和有益菌，對人體有損害的主要是其中的緻病菌，菌落總數超标也意味着緻病菌超标的機會增大，增加危害人體健康的幾率。
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