1、兩者的最主要的區别，除了研究對象有所不同之外，還在于人文社會科學的研究成果，不但要像自然科學那樣回答研究對象“是什麼”、“為什麼”，而且通常還要對研究對象作出直接或間接的價值判斷，也就是通常還要回答“合理不合理”、“應該怎麼樣”。也就是說，人文社會科學的研究成果往往包含着研究主體對研究對象的價值判斷。
2、正因為如此，首先，人文社會科學的内容就通常具有鮮明的時代性特征。人文社會科學各具體學科的研究對象總是随着時代的變化而變化的，進而也就使得人文社會科學的内容有了鮮明的時代性特征。
3、更重要的是，人文社會科學的研究者對研究對象作出價值判斷的時候，總是深受時代精神的影響，使研究成果打上時代的印記。因此，無論是人文社會科學理論的形成或是運用，都不能與特定時代的背景性因素相分離。這是人文社會科學的個性特征，也是人文社會科學與自然科學的主要區分點。
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