藥學院是沈陽藥科大學曆史上最悠久的二級教學管理機構。1932年10月開始招收調劑班學員；1940年将調劑班改為藥科班；1948年成立藥學專科；1949 年将藥劑專科改為藥劑系；1958 年正式更名為藥學系；2001年4月，在原有藥學系的基礎上，并入了物理化學教研室、分析化學教研室、儀器測試中心、藥物代謝與藥物動力學實驗室，正式組建藥學院。
藥學院下設兩個系：藥劑系和藥物分析系，其中：藥劑系包括3個教研室（或中心）——藥劑教研室、物理化學教研室、藥劑教學實驗中心；藥物分析系包括 5 個教研室（或中心）——藥物分析教研室、分析化學教研室、藥物代謝與藥物動力學實驗室、分析化學教學實驗中心和儀器測試中心。
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