1、因為地黃生産主要用塊根繁殖，由于長期用塊根作無性繁殖材料，組織容易衰老，生活力減弱。所以第二年會出現退化，越種塊根越小，産量年年下降。
2、病原菌累積嚴重，病蟲害發生頻繁，逐漸加重。尤其是土傳病害不斷發生，如十字花科的軟腐病、菌梗病；茄果類的枯萎病、根腐病、立枯病；瓜類的猝倒病、疫病、枯萎病，已成為生産的主要威脅。
3、土壤變劣造成土壤微生物活性降低，養分分解作用下降；作物酶活性降低，細胞分裂減緩，膜結構遭破壞，從而影響礦物質元素的吸收運輸。土壤含鹽量及PH失衡随栽培年限的延長而加重，并逐漸向表層聚集，造成表土層闆結、理化性惡化，PH值增高，影響作物對養分的吸收。
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