根除幽門螺杆菌 胃窦炎的症狀應歸屬于功能性消化不良範疇，目前一般采用對幽門螺杆菌陽性的功能性消化不良行根除治療。因此，有消化不良症狀的幽門螺杆菌陽性慢性非萎縮性胃炎患者均應根除幽門螺杆菌。
内科藥物治療 慢性胃炎伴膽汁反流者可應用促動力藥或有結合膽酸作用的胃黏膜保護劑。有胃黏膜糜爛、反酸、上腹痛等症狀為主者，可根據病情或症狀嚴重程度選用抗酸劑、H2受體拮抗劑或質子泵抑制劑。促動力藥可用于上腹飽脹、惡心或嘔吐等為主要症狀者。胃黏膜保護劑用于有膽汁反流、胃黏膜損害或症狀明顯者。抗抑郁藥或抗焦慮藥可用于有明顯精神因素的慢性胃炎伴消化不良症狀患者。上述藥物除具對症治療作用外，對胃黏膜上皮修複及炎症也可能具有一定作用。
手術治療 如果内科藥物效果不夠理想，但決定手術或再次手術前應該堅持試用幾個月。對返流症狀嚴重，内科治療無效者可考慮手術治療。常用的手術方式為胃空腸吻合術，轉流術後能完全消除腸胃返流，粘膜炎症可減輕或消失，早期症狀亦顯著改善，但長期随訪有30%-50%患者症狀複發，其原因尚不清楚。
中醫療法 中醫治療原則是降氣化痰，益氣和胃行氣止痛。可以用仲景的旋複代赭湯本方是《傷寒論》，原治“傷寒發汗，若吐、若下、解後，心下痞硬、噫氣不除者”。主治：胃氣虛弱，痰濁内阻。心下痞硬，噫氣不除。臨床運用：胃氣上逆，嘔吐涎沫，嗳氣。
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