勞動合同主體變更方式有：
第一種方式是員工辭職然後與第三方企業簽定新的勞動合同。第三方企業在發給員工的要約中必須明确規定，隻有員工向原企業提出辭職，要約才能生效。這樣做的好處在于原企業無需為此支付經濟補償金，但是第三方企業對于員工将會給出較高的待遇以獲取員工的同意。
第二種方式是企業與員工協商終止勞動合同。為此企業可以簽訂協議,約定由第三方企業負擔向員工支付的經濟補償金。
第三種方式是三方協商轉讓,約定由第三方企業承繼原企業在勞動合同項下的權利義務,但第三方企業可以與員工進行協商變更。這種方法應當約定員工的工齡繼續計算,并且在原合同項下的權利應當得到保障。如此,企業将無需立即支付經濟補償金,而員工的合法權益也并不受到任何損害。
【法律依據】
《中華人民共和國勞動合同法》第三十三條，用人單位變更名稱、法定代表人、主要負責人或者投資人等事項，不影響勞動合同的履行。
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