1、分布不同：雲杉産于陝西西南部（鳳縣）、甘肅東部（兩當）及白龍江流域等地，稍耐蔭；水杉分布于湖北、重慶、湖南三省交界的利川、石柱、龍山三縣的局部地區，垂直分布一般為海拔750~1500米。
2、形态特征不同：雲杉子葉6-7枚，條狀錐形，長1.4-2厘米，初生葉四棱狀條形，長0.5-1.2厘米，先端尖，四面有氣孔線，全緣或隆起的中脈上部有齒毛；水杉葉條形，長0.8-3.5（常1.3-2）厘米，寬1-2.5（常1.5-2）毫米，上面淡綠色，下面色較淡，沿中脈有兩條較邊帶稍寬的淡黃色氣孔帶，每帶有4-8條氣孔線，葉在側生小枝上列成二列，羽狀。
3、生長環境不同：雲杉耐陰、耐寒、喜歡涼爽濕潤的氣候和肥沃深厚、排水良好的微酸性沙質土壤，生長緩慢，屬淺根性樹種。海拔2400-3600米地帶，常與紫果雲杉、岷江冷杉、紫果冷杉混生，或成純林；水杉多生于山谷或山麓附近地勢平緩、土層深厚、濕潤或稍有積水的地方，耐寒性強，耐水濕能力強，在輕鹽堿地可以生長為喜光性樹種，根系發達，生長的快慢常受土壤水分的支配，在長期積水排水不良的地方生長緩慢，樹幹基部通常膨大和有縱棱。
4、用途不同：雲杉樹幹高大通直，節少，材質略輕柔，紋理直、均勻，結構細緻，易加工，具有良好的共鳴性能。可供建築、飛機、樂器（鋼琴、提琴）、舟車、家具、器具、箱盒、刨制膠合闆與薄木以及木纖維工業原料等用材；水杉材質輕軟，可供建築、闆料、造紙等用；樹姿優美，為庭園觀賞樹。
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