一九四二年，因石井四郎在會計檢查中發生問題，不得不将其撤換，改由僞滿洲醫科大學細菌學教授、陸軍軍醫少将北野政次繼任。這個大學教授，不但繼承石井的罪惡遺産，而且變本加厲。

　　北野從任入學教授時起，即以對“孫吳熱”--流行性出血熱研究聞名。到了七三一部隊，頗重視笠原技師領導的微(濾)子研究班。于是就在以中、蘇兩國的愛國人士為實驗材料的殘酷屠殺中，發展了用微(濾)子殘害人類的實地研究。

　　他對于生在西伯利亞森林裡的一種壁虱，可傳播微濾性西伯利亞森林壁虱腦炎，異常注意，命狩野翻譯官、小川翻譯員翻譯與此有關的文件。一九四四年夏以後，更使秦中尉等六人組織翻譯班，專門搜集蘇聯方面的醫學情報。

　　一九四四年夏，他供給牡丹江、孫吳、海拉爾、林口各支部各數十噸生産細菌的材料。例如林口支部即領到大型高壓蒸氣滅榮鍋五口，“配浦頓”(胃朊酶分析的蛋白質，易在水中溶解，有通過動物質膜的性能)壓縮幹肉、瓊膠、食鹽等約六十噸。

　　支部經常保存、培養着各種細菌，根據測定毒性的結果，選出強壯的菌體，以備一旦有事之秋，多少都能生産出來。從六十噸的材料中，可以生産出五百公斤細菌。如果以支部為據點，用飛機把這些細菊散布在蘇聯遠東地區的交通要道、兵站基地、重工業區、主要港灣、航空基地和高級司令部所在的地方，那麼以霍亂菌、傷寒菌為例，有五百公斤，便可以使約十七萬平方公裡的地區，也就是能使相當于全東北三分之一以上的地區發生霍亂、傷寒的大流行。

　　同時，更為保證日本軍隊能在傳染地區内行動，把各支部分别配屬于各方面軍，命名為“防疫給水部隊”。例如林口支部即有汽車(包括濾水車二，消毒車二)五十九輛，配屬于駐“東安”的關東軍第五軍司令部。如第五軍侵入蘇聯領士，該支部即從事防疫和給水的工作。

　　二月初，石井四郎又重回到七三一部隊的舊巢。四月初，他一到任就意在言外地非難北野前部隊長說:“在我離開的二年間，這個部隊變成研究所了。從今以後，即使一分鐘也不許浪費在無用的研究和脫離生産的工作上!于是拼命把全力用在專門生産鼠疫菌方面。

　　他在部隊長室，在總務部長太田大佐、課長田部中佐的參列之下，召集孫吳、林口、海拉爾、牡丹江的各支部長，傳達命令。“根據大本營指示，部隊至八月底要生産鼠疫菌蚤一至二噸!”

　　各支部按照這一計劃，為把供蛋繁殖之用的鼠類如數送交總部，除竭全力捕鼠外，還下令加強飼育、繁殖白鼠。在總部，極力擴充了田中技術中佐所領導的鼠飼育班和鼠疫蚤飼育班，動員全體人員撲鼠、飼鼠。

　　第一班的研究員，從來僅是對各種細菌作基礎上的研究，現也把它歸并到以第一部杏村壽人為中心的營養研究班裡去。這是根據關東軍作戰計劃，企圖将軍隊撤到通化山區，仍繼續生産細菌武器的一種政策反映。

　　七三一部隊及其支部，并不隻限于捕鼠和繁殖白鼠，還令關東軍的後方醫院和物資倉庫都飼育白鼠。也曾企圖從僞“興安南省”強制購買野生栗鼠代替老鼠。例如林口支部長相原少佐即大肆宣傳各種“鼠害”，從支部員到“開拓農民”皆被動員搜捕。隻送到七三一部隊的鼠類，四月為一千隻，五月一萬隻，六月八千隻，七月七千隻，共達二萬六千隻之多。

　　六月以後，各支部也都進行“飼蚤教育”，并各分得一公斤蚤開始飼育。六月初，将部隊中老幼家屬約二百名送還日本，以圖減輕部隊行動之累。同時，将一部分部隊人員和設備，也後撤到北朝鮮的江界。七月雖在總部的田中班裡，收集到數萬隻鼠，但從侵略者的罪惡陰謀的需要量來說，仍是遠遠不夠。

　　石井四郎和關東軍司令部的第四課參謀原甯中佐、第一課參謀宮田協商“要僞滿洲國每月搜交二十萬隻老鼠”。七月中旬，派調查課長石光熏、課員秦中尉赴沈陽、長春、哈爾濱三大城市，物色生産鼠疫菌蚤的工廠。

　　該月下旬，更使在關東軍囑托的名義下，派到司令部歸原參謀調遣。還打算通過僞滿洲國的警務總局，動員所有僞警，強迫每月從沈陽地區捕十萬隻，長春五萬隻，哈爾濱五萬隻老鼠，送到上述地區的生産工廠，盡全力生産鼠疫菌蚤，謊稱為制造預防斑疹傷寒的疫苗。

　　回想從十九世紀末到二十世紀初在中國東北發生的鼠疫，從海拉爾沿着中東鐵路，猶如猛火一般蔓延到“直隸”(河北省)和山東省，奪去了百萬人的生命。現在則是想把月産一到二噸的蚤，即由二千五百萬到五千萬隻以上的鼠疫蚤，用飛機向城市或密集部隊等主要目标撒布下去。

　　假使這種蚤直接間接沾附人身體的可能性為百分之十，那麼，百萬隻蚤可使十萬人口的城市，因鼠疫而毀滅掉。曾經一度沾附人身的跳蚤，還會移到别人身上進行傳染。附在地上鼠類身上的蚤，也會引起鼠疫，由此再傳播到人類，通過各種媒介加速蔓延下去。人得了肺鼠疫，在一、二日之間，就能由吐血或敗血病而死亡。當時曾認為鼠疫死亡率為百分之八十，何況這些菌更是從鼠疫菌中選出的最含劇毒的菌體!

　　一九四五年八月九日，七三一部隊尚籠罩在蒼茫夜色之中，忽然天空被蘇聯紅軍的照明彈，照得耀眼雪亮。紅軍的機械化部隊就将到達哈爾濱。石井四郎除作部隊的“善後”，即消滅一切罪證外，别無他法可想。

　　首先令第一特别班長石井猛男，将關在秘密監獄中的數十名愛國志士全部槍決。一個蘇聯婦女在獄中剛剛生出的嬰兒也不例外。除把一切秘密文件、跳蚤、老鼠、細菌等燒毀之外，更命令工兵隊将總部房舍--以監獄為中心，包括三層方形樓房的研究室、生産工廠在内，一齊炸毀。

　　石井四郎盡早探知“八月十一日日本無條件投降已屬确實”的外國情報，發出“部隊全部撤退”的命令，将近八十輛的列車，開進隊内的支線，裝好二千餘名隊員和家屬，于十三日向南逃竄。石井和其家屬則搭乘其女婿增田少佐所駕駛的飛機逃回日本。

　　臨逃竄時，他們把一部分帶有鼠疫菌的老鼠放出。在以七三部隊為中心，方園八公裡的所謂“特别地區”内立時發生了鼠疫，僅僅一星期中，就有一百四十六名善良的農民死于非命。

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